Pradėti skiepytis nuo šios erkių platinamos ligos Užkrečiamųjų ligų ir AIDS centro medikai pataria šaltuoju metų laiku, kol erkės dar miega, kad spėtų susidaryti imunitetas.
Visas skiepijimo kursas susideda iš trijų injekcijų, toliau – imunitetą palaikančios vienkartinės vakcinacijos dozės. Vakcinavimo schemos yra dvi:
 
Įprastinė schema – šaltuoju metų laikotarpiu pirmosios dvi dozės suleidžiamos išlaikant 1–3 mėn. tarpą, trečia – praėjus 5–12 mėn. po antrosios injekcijos.
 
Pagreitinta schema – šiltuoju metų laikotarpiu, prasidėjus erkių aktyvumui. Antra vakcinos dozė suleidžiama praėjus 2 sav. po pirmosios, trečia – 5–12 mėn. po antrosios.

Apsauginis imunitetas susiformuoja tik po dviejų skiepo dozių, praėjus dviem savaitėms po antros dozės. Jis apsaugo nuo ligos tik vienerius metus. Po trečios skiepo dozės apsauginis imunitetas trunka  3–4 metus.  Toliau reikalingos sustiprinančios dozės. Sustiprinančiųjų dozių įskiepijimų intervalai gali būti skirtingi, priklauso nuo vakcinos gamintojo rekomendacijų bei žmogaus amžiaus (dažniausiai kas 3–4 m.).
 
Jeigu po pirmos skiepo dozės skiepijimas nutrūko, tai skiepijimo schema turi būti pradėta iš naujo. Jeigu po dviejų skiepo dozių nebuvo išlaikytas skiepijimo intervalas, skiepijimo schemą galima tęsti toliau, tiesiog įskiepyti trečią dozę. Jeigu buvo užmiršta sustiprinančioji skiepo dozė, tai ją įskiepyti, skiepijimo schemos kartoti nereikia. Reikia žinoti, kad laikotarpiu, tarp praleistų skiepijimo dozių, gali nebūti reikiamo apsauginio imuniteto, todėl įsisiurbus užsikrėtusiai erkei  žmogus gali susirgti. Nuo erkinio encefalito skiepyti galima jau vienų metų amžiaus vaikus.
 
Pirmieji erkinio encefalito atvejai fiksuojami ankstyvą pavasarį
Pirmieji erkinio encefalito  atvejai registruojami jau kovo ar balandžio mėnesiais, tačiau dažniausiai žmonės užsikrečia birželio–spalio mėnesiais. Šiuo laikotarpiu užregistruojama apie 90 proc. visų sergančiųjų EE.  Tai susiję su erkių aktyvumu ir dažnesniu gyventojų buvimu gamtoje.  
Erkinis encefalitas – erkių platinama, gamtinė židininė infekcija, kurią sukeliama erkinio encefalito virusas. Ši liga yra viena iš svarbiausių virusinių žmogaus centrinės nervų sistemos infekcijų, kuriai būdingi liekamieji reiškiniai (negalėjimas susikaupti, miego sutrikimai, nuolatiniai galvos skausmai, padidėjęs jautrumas, klausos praradimas ir (ar) spengimas ausyse, regėjimo sutrikimai, pusiausvyros ir koordinacijos sutrikimai, traukuliai, elgesio pokyčiai, rečiau – paralyžiai), kartais sukeliantys neįgalumą.
 
Erkinio encefalito susirgimai registruojami daugelyje pasaulio šalių. Ši liga labai išplitusi Europoje, Sibire, Rusijos rytuose, šiaurinėje Kinijos dalyje ir Japonijoje. Europoje, tuo pat metu ir Lietuvoje, sergamumai pradėjo didėti nuo 1993 metų. Įvairiose Europos šalyse sergamumo rodikliai padidėjo nuo 2 iki 17 kartų.
Lietuvoje privaloma šios ligos registracija pradėta 1968 m.  Nuo 1993 m., sergamumui sparčiai didėjant, ši liga tapo aktualia visuomenės sveikatos problema. Jei 1995–2002 m. laikotarpiu vidutinis šalies sergamumo erkiniu encefalitu rodiklis buvo 10,1 atv./100 tūkst. gyv., tai  2011–2019 m. laikotarpiu – 19 atv./100 tūkst. gyventojų.